Seus primeiros toques de bola foram no União Barbarense, mas foi para o Bahia onde foi revelado para a grande massa em 2005, onde chegou a treinar com o plantel profissional. Bruno César na época jogava de atacante, e ganhou destaque ao ser Campeão Baiano Juvenil, onde foi vice-artilheiro, com 23 golos, e foi lá que chamou atenção do São Paulo, e conseguiu na justiça sua libertação para o clube paulista em 2006.
Lá, foi utilizado nos juniores, onde disputou a Copa São Paulo de Jr.
Depois de passar pelo São Paulo, Bruno César chegou para defender a equipa B do Palmeiras na Série A-3 (Terceira Divisão) do Paulistão.
Do Palmeiras, Bruno César seguiu para o Grêmio e também não se firmou. Entretanto, começou a ganhar destaque em seguida, actuando pelo Ulbra-RS, no Campeonato Gaúcho.
De lá, foi para o Noroeste até ganhar destaque no Paulistão de 2010 defendendo o Santo André. Por conta disso, chegou ao Corinthians com a missão de, enfim, ser o substituto ideal de Douglas, campeão da Série B, Paulista e Copa do Brasil.
Bruno voltou a actuar com regularidade no profissional no ano de 2009, quando disputou o Campeonato Paulista pelo Noroeste e em seguida o Campeonato Brasileiro pelo Santo André. Estreou pela equipe do grande ABC na vitória contra o Coritiba por 4 a 2, e fez seu primeiro golo em partida válida pela segunda rodada do Campeonato, mas acabou não tendo oportunidades no restante da competição.
Em 2010 se tornou um dos principais jogadores da equipe, onde se destacou no Campeonato Paulista, principalmente nas finais contra o Santos.
O jogador chamou a atenção do clube ao fazer um óptimo Campeonato Paulista pelo Santo André, ajudando a equipe a ser vice-campeão e foi contratado pelo Sport Club Corinthians Paulista, no dia 07 de maio de 2010. Logo na sua estreia, no dia 26 de maio de 2010, marcou seu primeiro golo pelo Corinthians no empate por 2 a 2 com o Grêmio Prudente numa cobrança de falta aos 29min do segundo tempo. No Campeonato Brasileiro (apostas de desporto online) 2010 foi um dos principais responsáveis pela boa campanha do Timão, sendo o artilheiro isolado da equipa com 15 golos em 34 partidas e considerado a revelação brasileira de 2010. As boas actuações o renderam indicação em outras 2 categorias do Brasileirão: Craque do campeonato e Melhor meia pela esquerda. Porém, após a eliminação precoce do Corinthians na Libertadores 2011, o jogador foi sacado da equipe, o que gerou a sua insatisfação. Em março de 2011, chegou até fazer o golo da vitória alvinegra por 3x2 contra o Mirassol pelo Campeonato Paulista, mas dias após acertou sua ida para o Benfica, onde jogará a partir de julho e será uma das apostas para Liga dos Campeões. O jogador, que custou 5 milhões de euros ao clube português, assinou contrato com sua nova equipe até junho de 2017.
